Le petit diamètre intérieur de la Metrosep A Supp 16 - 100 en version microbore permet d'utiliser des débits plus faibles. Ceci réduit considérablement la consommation en éluant. Le temps de séjour des ions dans le détecteur est prolongé et, en conséquence, la sensibilité, et donc l'aire de pic (pour la même quantité d'échantillon), sont augmentées d'autant. Les colonnes de séparation microbore sont utilisées en association avec le MSM-LC. Les colonnes de séparation Metrosep A Supp 16 de 2 mm sont construites dans le même matériau que les colonnes de 4 mm correspondantes. La version courte de ce type de colonne permet des séparations extrêmement rapides.
La colonne est particulièrement adaptée pour les applications impliquant une forte charge ionique n'exigeant qu'une résolution relativement faible. Cette colonne convient particulièrement au couplage CI-SM du fait du faible débit d'éluant.