Le coeur de chaque cytometer est une cellule d'écoulement à haute précision en verre de quartz avec un canal extrafin. Ce canal fournit la stabilité du système hydraulique et permet ainsi l'analyse optique précise des cellules ou des particules.
Le canal d'écoulement a typiquement un profil carré ou rectangulaire de canal avec des dimensions de quelques centièmex seulement d'un millimètre avec les surfaces fortement polies.
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